浙江省林业种苗管理总站为参照公务员管理事业单位，全额拨款，县处级，21个编制。下设办公室、种子管理科、苗木管理科、质量监督检验科、花卉管理科5个科室，以及站直属国家重点林木良种基地——安吉刘家塘林场。单位主要负责全省林业种苗行业管理工作，并承担省林业植物新品种办公室日常管理工作，牵头组织开展浙江省林木种质资源保育与利用公共基础条件平台、浙江省花卉新品种选育协作组、浙江省林木品种审定委员会、浙江省林学会林业种苗花卉专业委员会等各项管理工作。根据浙江省编办的职能设置，主要承担以下工作职能：

（一）研究起草全省林业种苗花卉发展、建设和管理地方性法规、规章草案。

（二）起草全省林业种苗花卉发展规划、计划，并组织实施；提出林业种苗花卉专项资金的安排建议，协助有关部门加强专项资金管理。

（三）具体承担全省林木种质资源的保护和管理工作，组织开展全省林木种质资源的普查，建设和管理种质资源库、种质资源保护区（地）。

（四）负责林木品种（良种）的选育、审（认）定和林木引种的管理工作，指导全省林木良种基地的建设和管理，组织林木品种（良种）的示范、推广工作。指导全省建立林木种子贮备制度，具体负责制定和落实全省林木种子贮备计划。

（五）指导全省林木种苗生产、经营的行政审批和管理工作，具体承担林木种苗生产许可证、经营许可证等省级行政审批工作。

（六）具体承担全省林业种苗花卉质量的监督管理，指导市县种苗花卉质量检验工作；组织起草林木种苗花卉的生产、加工、包装、检验、贮藏等质量管理办法和地方标准；承担林木种苗花卉产品质量鉴定，为相关司法案件提供依据。

（七）具体做好有关林木种苗行政案件的调查处理工作，指导和监督基层林木种苗行政执法工作。

（八）具体承担植物新品种保护管理工作。

（九）负责全省花卉行业管理，组织开展林业种苗花卉行业的对外交流。

（十）承办省林业厅交办的其它事项。